自今年啟動175米試驗性蓄水以來，重慶市持續加強庫區水質動態監測，根據日前對長江、嘉陵江、烏江（以下簡稱三江）干流重慶段19個斷面、庫區36條一級支流的36個回水區上游、44個回水區中段斷面、庫區15個集中式飲用水源水質監測結果顯示，重慶庫區水質總體保持穩定，與蓄水前沒有明顯變化。
為切實保護庫區水環境安全，近年來重慶市持續加大對庫區環保工作力度，已建成94個生活污水處理廠和48座垃圾處理場，庫區城市生活污水集中處理率和城市生活垃圾無害化處理率分別達到84%和94%。江河沿岸的污染企業都關閉搬遷完畢，取而代之的是生態環保的新型工業。農村規模化的畜禽養殖場都要求建集中地排污設施，同時通過生態家園建設，盡量減少面源污染。從2004年開始，新建的船舶都要求具備油污分離、生活污水處理設施，舊式船舶也已全面改造完畢，大大減少了船舶污染。
除加大對水環境的防治和監測，重慶庫區各區縣（自治縣）還組建了專業化與市場化相結合的清漂隊伍，并出臺系列規章制度予以保障。此次試驗性蓄水期間，重慶庫區共出動清漂人員近3萬人次，清漂船只8179船次，清理打撈漂浮垃圾3.3萬噸。自2003年三峽工程二期蓄水以來，重慶庫區已累計清理漂浮垃圾86萬余噸，消落區垃圾5.1萬噸。
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